Margaretha van Oostenrijk was de enige dochter van de Rooms-Duitse keizer Maximiliaan I en Maria van Bourgondië. Ze was amper twee jaar oud, toen haar moeder als gevolg van een jachtongeluk om het leven kwam.
De Vlamingen, vooral de Gentenaren, aanvaardden de vreemdeling Maximiliaan niet als regent en namen zijn kinderen Filip en Margaretha onder hun hoede. De hoofdreden was dat ze niet verder oorlog wilden voeren tegen Frankrijk vanwege het verlies van het hertogdom Bourgondië. Oorlogen kostten geld en bloed en de Vlamingen wilden vrede om handel te drijven. Eigenmachtig sloten ze een verdrag met Frankrijk, waarbij Margaretha de bruid van de tien jaar oudere kroonprins Karel werd. Met drie jaar werd ze aan Frankrijk uitgeleverd, met een forse bruidsschat aan land zoals het graafschap Bourgondië.
Anne van Beaujeu, de toenmalige regentes van Frankrijk en zuster van de minderjarige Karel, liet de bruid bij aankomst in het bijzijn van het hof uitkleden. Ze wilde zich vergewissen, dat de bruid geen lichamelijke gebreken had, want de natuur had Karel stiefmoederlijk bedeeld. Tot opluchting van de regentes bleek de jonge bruid geschikt te zijn voor het voortbrengen van gezonde nazaten.